Segundo aniversario de DBGen y resumen del año.

DBGen Ocular Genomics es una spin-off de la Universidad de Barcelona especializada en el diagnóstico genético de las enfermedades hereditarias de la visión, fundada en enero de 2018 por Roser González-Duarte y Gemma Marfany, investigadoras séniores especializadas en genética molecular humana, especialmente en las bases genéticas de las enfermedades de la visión. DBGen Ocular Genomics tiene como objetivo ofrecer un diagnóstico genético preciso para orientar y confirmar el diagnóstico clínico, establecer un pronóstico fiable, definir el tipo de herencia y permitir el consejo genético. Es importante señalar que el diagnóstico genético es hoy imprescindible para acceder a la terapia génica aprobada, como en el caso de Luxturna, y a otras que se encuentran en fases clínicas avanzadas. La actividad de DBGen se fundamenta en un equipo con más de 25 años de experiencia en investigación genética de las distrofias hereditarias de la retina.

Durante el año 2019, DBGen Ocular Genomics ha logrado una serie de hitos que queremos compartir con vosotros.

Avances en el diagnóstico genético

Este año 2019, DBGen ha presentado la nueva versión del Panel Completo de Distrofias de Retina y otras patologías oculares, que incluye 14 nuevos genes. Del mismo modo se ha incrementado el número de genes en los siguientes paneles: Panel de Retinosis Pigmentaria, Panel de Distrofias Maculares y Enfermedad de Stargardt, Panel de Síndrome de Bardet-Biedl, Panel de Síndrome de Usher, Panel de Atrofia Óptica.

También este año, DBGen ha incorporado nuevas metodologías de análisis bioinformático para poder identificar mutaciones «ocultas» en regiones no codificantes y ha avanzado en la implementación e integración del análisis funcional de estas variantes en la rutina del laboratorio para demostrar su efecto patogénico y ofrecer un plus de calidad en el diagnóstico genético de los pacientes.

A las dos principales estrategias de diagnóstico genético empleadas hasta ahora por DBGen (la secuenciación completa del exoma y los paneles de genes), el próximo año se les sumará una tercera estrategia, la secuenciación completa del genoma (WGS). Esta metodología precisa de la utilización de protocolos de análisis bioinformática muy específicos y es especialmente indicada en casos de herencia recesiva en los que se ha identificado una mutación causativa, pero no se ha podido identificar el segundo alelo responsable de la enfermedad. Además, esta estrategia permite caracterizar reordenaciones genómicas, deleciones/duplicaciones grandes y mutaciones puntuales (SNVs) no descritas en regiones no codificantes de genes responsables de enfermedades hereditarias de la visión

Equipo humano

El equipo humano de DBGen, formado por especialistas en genética humana con un gran conocimiento de las bases moleculares de las enfermedades hereditarias de la visión, se ha ampliado este año con la incorporación de dos nuevas personas:

Laia Carreté, doctora en bioinformática por la Universidad Pompeu Fabra con un amplio conocimiento en análisis de datos y en técnicas de secuenciación masiva del ADN.

Vasileious Toulis, investigador pre doctoral de la Universidad de Barcelona, que lleva a cabo una tesis doctoral sobre modelos animales de enfermedades de la visión, para llevar a cabo los estudios funcionales necesarios para incrementar el éxito del diagnóstico genético.

Investigación y publicaciones

Este año, el equipo de DBGen ha dirigido varios trabajos de fin de grado y de máster. En concreto, dos trabajos de fin de grado (TFG) y un trabajo de fin de máster (TFM).

• Sofía Jiménez Ochoa (2019). Optimization of genetic diagnosis of inherited retinal dystrophies: assessment of functional assays for the identification of mutations in intronic regions. Directora: Gemma Marfany. (TFG)
• Mariona Costa Llamas (2019). Optimització del diagnòstic de malalties hereditàries de la retina: Detecció de CNVs en els gens OPN1LW i OPN1MW. Directoras: Gemma Marfany & Marta de Castro-Miró. (TFG)
• Luz Vianney Cortés González (2019). Estudio funcional de dos variantes nuevas en regiones intrónicas del gen POC1B en un paciente mexicano con distrofia de conos y bastones. Directores: Roser Gonzàlez Duarte i Rebeca Valero. (TFM)

Publicaciones científicas:

1. Trigueros, S.; Domènech, E.B.; Toulis, V.; Marfany, G.In vitro gene delivery in retinal pigment epithelium cells by plasmid DNA-wrapped gold nanoparticles. 2019. Genes. 10, pp. 289. DOI: https://doi.org/10.3390/genes10040289
2. Bolinches-Amorós, A.; León, M.; del Buey Furió, V.; Marfany, G.; Gonzàlez-Duarte, R.; Erceg, S.; Lukovic, D. Generation of an iPSC line from a retinitis pigmentosa patient carrying a homozygous mutation in CERKL and a healthy sibling. 2019. Stem Cell Research. 38, pp. 101455.
3. Valero, R.; de Castro-Miró, M.; Jiménez-Ochoa, S.; Rodríguez-Ezcurra, J.J.; Marfany, G.; Gonzàlez-Duarte, R. Aberrant Splicing Events Associated to CDH23 Noncanonical Splice Site Mutations in a Proband with Atypical Usher Syndrome 1.2019.  Genes. 10, pp. 732.  DOI: https://doi.org/10.3390/genes10100732
4. Arenas-Galnares, R.; Castillo-Lara, S.; Toulis, V.; Boloc, D.; Gonzàlez-Duarte, R.; Marfany, G.; Abril, J.F. RPGeNet v2 .0: expanding the universe of retinal disease gene interactions network. Database: The Journal of Biological Databases and Curation.  2019. DOI: https://doi.org/10.1093/database/baz120
5. Esquerdo-Barragán, M.; Brooks, MJ.; Toulis, V.; Swaroop, A.; Marfany, G. Expression of Deubiquitinating Enzyme Genes in the Developing Mammal Retina. 2019. Mol. Vis. 25: 800-813.

Participación en congresos y otros eventos

Con el objetivo de difundir la investigación que llevan a cabo los miembros del equipo de DBGen, este año hemos asistido y contribuido con ponencias y seminarios a numerosos eventos científicos. A continuación destacamos algunos de ellos.

Eventos internacionales:

• Association for Research in Vision and Ophthalmology (ARVO) 2019 Annual Meeting (Vancouver, Canadá)
• XXXIV Congreso Panamericano de Oftalmología – Pan American Ophthalmology Association (PAAO) (Cancún, México)
• 42º SIMASP (São Paulo, Brasil)
• 8th International IVIRMA Congress (Palma de Mallorca, España)

Eventos en España:

• 50º Congreso de la Sociedad Catalana de Oftalmología (Barcelona, España)
• III Jornada Interhospitalaria de Genética de Cataluña
• XIII Seminario sobre la declaración universal sobre bioética y derechos humanos de la UNESCO en relación al convenio de Oviedo: ‘Edición genómica, bioética y responsabilidad’ (Barcelona, España)
• XII Reunión Anual CIBERER, Centro de Investigación Biomédica En Red de Enfermedades Raras (El Escorial, España)
• II Congreso Nacional Retina Murcia (Murcia, España)
• CNG2019 – ‘Edición genética’, Curso Nacional de Genética, Sociedad Española deGenética (Miraflores, España)
• Expert Patients and Researchers, 3 ed. EURORDIS Summer School Spanish Edition (Castelldefels, España)

Premios

Finalmente, el trabajo de DBGen ha sido reconocido este 2019 con la designación como finalista del Concurso Innovatia 8.3 (2019) a las mejores empresas creadas con el apoyo de las universidades y lideradas por mujeres, que otorgan el Instituto de la Mujer y la Universidade de Santiago de Compostela.

Evaluación externa de la calidad

DBGen ha participado este año en el primer programa de evaluación externa de la calidad dedicado a las enfermedades hereditarias de la retina, organizado por Genomics Quality Assessment (GenQA) del Reino Unido, una agencia evaluadora de la calidad externa de los laboratorios de diagnóstico genético, miembro del consorcio UK NEQAS. En esta primera edición del programa (2019 Retinal Disorders), DBGen ha superado las tres pruebas planteadas de forma satisfactoria.