Segon aniversari de DBGen i resum de l’any.

DBGen Ocular Genomics és una spin-off de la Universitat de Barcelona especialitzada en el diagnòstic genètic de les malalties hereditàries de la visió, fundada el gener del 2018 per Roser Gonzàlez-Duarte i Gemma Marfany, investigadores sènior especialitzades en genètica molecular humana, especialment en les bases genètiques de les malalties de la visió. DBGen Ocular Genomics té com a objectiu oferir un diagnòstic genètic precís per orientar i confirmar el diagnòstic clínic, establir un pronòstic fiable, definir el tipus d’herència i permetre el consell genètic. És important assenyalar que el diagnòstic genètic és avui imprescindible per accedir a la teràpia gènica aprovada, com en el cas de Luxturna, i a d’altres que es troben en fases clíniques avançades. L’activitat de DBGen es fonamenta en un equip amb més de 25 anys d’experiència en investigació genètica de les distròfies hereditàries de la retina.

Durant l’any 2019, DBGen Ocular Genomics ha assolit una sèrie de fites que volem compartir amb vosaltres.

Avenços en el diagnòstic genètic

Aquest any 2019, DBGen ha presentat la nova versió del Panell Complet de Distròfies de Retina i altres patologies oculars, que inclou 14 nous gens. De la mateixa manera s’ha incrementat el nombre de gens en els següents panells: Panell de Retinitis Pigmentària, Panell de Distròfies Maculars i Malaltia de Stargardt, Panell de Síndrome de Bardet-Biedl, Panell de Síndrome d’Usher, Panell d’Atròfia Òptica.

També aquest any, DBGen ha incorporat noves metodologies d’anàlisi bioinformàtica per tal d’identificar mutacions “ocultes” en regions no codificants i ha avançat en la implementació i integració de l’anàlisi funcional d’aquestes variants en la rutina del laboratori per demostrar-ne l’efecte patogènic i oferir un plus de qualitat en el diagnòstic genètic dels pacients.

A les dues principals estratègies de diagnòstic genètic emprades fins ara per DBGen (la seqüenciació completa de l’exoma i els panells de gens), aquest proper any s’hi afegirà una tercera estratègia, la seqüenciació completa del genoma (WGS). Aquest mètode requereix de la utilització de protocols d’anàlisi bioinformàtica molt específics i és especialment indicat en casos d’herència recessiva en els quals s’ha identificat una mutació causativa però no s’ha pogut identificar el segon al·lel responsable de la malaltia. A més, aquesta estratègia permet caracteritzar reordenaments genòmics, delecions/duplicacions grans i mutacions puntuals (SNVs) no descrites en regions no codificants de gens responsables de malalties hereditàries de la visió.

Equip humà

L’equip humà de DBGen, format per especialistes en genètica humana amb un gran coneixement de les bases moleculars de les malalties hereditàries de la visió, s’ha ampliat aquest any amb la incorporació de dues noves persones:

Laia Carreté, doctora en bioinformàtica per la Universitat Pompeu Fabra amb un ampli coneixement en anàlisis de dades i en tècniques de seqüenciació massiva de l’ADN.

Vasileious Toulis, investigador predoctoral de la Universitat de Barcelona, que realitza una tesi doctoral sobre models animals de malalties de la visió, per dur a terme els estudis funcionals necessaris per incrementar l’èxit del diagnòstic genètic.

Recerca i publicacions

Aquest any, DBGen ha acollit diversos treballs de final de grau (TFG) i de màster (TFM). En concret, dos treballs de final de grau i un treball de màster:

• Sofía Jiménez Ochoa (2019). Optimization of genetic diagnosis of inherited retinal dystrophies: assessment of functional assays for the identification of mutations in intronic regions. Directora: Gemma Marfany. (TFG)
• Mariona Costa Llamas (2019). Optimització del diagnòstic de malalties hereditàries de la retina: Detecció de CNVs en els gens OPN1LW i OPN1MW. Directores: Gemma Marfany & Marta de Castro-Miró. (TFG)
• Luz Vianney Cortés González (2019). Estudio funcional de dos variantes nuevas en regiones intrónicas del gen POC1B en un paciente mexicano con distrofia de conos y bastones. Directores: Roser Gonzàlez Duarte i Rebeca Valero. (TFM)

Publicacions científiques:

1. Trigueros, S.; Domènech, E.B.; Toulis, V.; Marfany, G.In vitro gene delivery in retinal pigment epithelium cells by plasmid DNA-wrapped gold nanoparticles. 2019. Genes. 10, pp. 289. DOI: https://doi.org/10.3390/genes10040289
2. Bolinches-Amorós, A.; León, M.; del Buey Furió, V.; Marfany, G.; Gonzàlez-Duarte, R.; Erceg, S.; Lukovic, D. Generation of an iPSC line from a retinitis pigmentosa patient carrying a homozygous mutation in CERKL and a healthy sibling. 2019. Stem Cell Research. 38, pp. 101455.
3. Valero, R.; de Castro-Miró, M.; Jiménez-Ochoa, S.; Rodríguez-Ezcurra, J.J.; Marfany, G.; Gonzàlez-Duarte, R. Aberrant Splicing Events Associated to CDH23 Noncanonical Splice Site Mutations in a Proband with Atypical Usher Syndrome 1.2019.  Genes. 10, pp. 732.  DOI: https://doi.org/10.3390/genes10100732
4. Arenas-Galnares, R.; Castillo-Lara, S.; Toulis, V.; Boloc, D.; Gonzàlez-Duarte, R.; Marfany, G.; Abril, J.F. RPGeNet v2 .0: expanding the universe of retinal disease gene interactions network. Database: The Journal of Biological Databases and Curation.  2019. DOI: https://doi.org/10.1093/database/baz120
5. Esquerdo-Barragán, M.; Brooks, MJ.; Toulis, V.; Swaroop, A.; Marfany, G. Expression of  Deubiquitinating Enzyme Genes in the Developing Mammal Retina. 2019. Mol. Vis. 25: 800-813.

Participació en congressos i altres esdeveniments

Amb l’objectiu de difondre la recerca que duen a terme els membres de l’equip de DBGen, enguany hem assistit i contribuït amb ponències i seminaris a nombrosos esdeveniments científics. A continuació en destaquem alguns.

Esdeveniments internacionals:

• Association for Research in Vision and Ophthalmology (ARVO) 2019 Annual Meeting (Vancouver, Canadà)
• XXXIV Congreso Panamericano de Oftalmología – Pan American Ophthalmology Association (PAAO) (Cancún, Mèxic)
• 42º SIMASP (São Paulo, Brasil)
• 8th International IVIRMA Congress (Palma de Mallorca)

Esdeveniments a Espanya:

• 50è Congrés de la Societat Catalana d’Oftalmologia (Barcelona)
• III Jornada Interhospitalària de Genètica de Catalunya
• XIII Seminario sobre la declaración universal sobre bioética y derechos humanos de la UNESCO en relación al convenio de Oviedo: ‘Edición genómica, bioética y responsabilidad’ (Barcelona)
• XII Reunión Anual CIBERER, Centro de Investigación Biomédica En Red de Enfermedades Raras (El Escorial)
• II Congreso Nacional Retina Murcia (Murcia)
• CNG2019 – ‘Edición genética’, Curso Nacional de Genética, Sociedad Española deGenética (Miraflores)
• Expert Patients and Researchers, 3 ed. EURORDIS Summer School Spanish Edition (Castelldefels)

Premis

Finalment, la tasca de DBGen ha estat reconeguda durant aquest 2019 amb la designació com a finalista del Concurs Innovatia 8.3 (2019) a les millors empreses creades amb el suport de les universitats i liderades per dones, que atorga l’Instituto de la Mujer i la Universidade de Santiago de Compostela.

Avaluació externa de la qualitat

DBGen ha participat aquest any en el primer programa d’avaluació externa de la qualitat dedicat a les malalties hereditàries de la retina, organitzat per Genomics Quality Assessment (GenQA) del Regne Unit, una agència avaluadora de la qualitat externa dels laboratoris de diagnòstic genètic, membre del consorci UK NEQAS. En aquesta primera edició del programa (2019 Retinal Disorders), DBGen ha superat les tres proves plantejades de manera satisfactòria.