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La nueva versión de RPGeNet permite examinar interacciones de más de 270 genes implicados en distrofias de retina

RPGeNet es una herramienta dedicada a proporcionar una interfaz gráfica de las interacciones moleculares donde participan genes implicados en las distrofias de retina. El principal objetivo de la herramienta es facilitar a los investigadores el entendimiento del proceso patológico en su contexto celular e histológico, resaltar interacciones clave el proceso de degeneración de la retina y revelar posibles genes candidatos como causa de estas enfermedades (Boloc et al. 2015).

La red utiliza y filtra los datos de BioGRID (base de datos de interacciones biológicas), STRING (base de datos de interacciones proteína-proteína) y de las publicaciones de interacciones añadidas en PubMed filtradas por medio del programa PPaxe (software dedicado a la búsqueda de interacciones proteicas en textos científicos). Esta interfaz implementada por investigadores de la Universidad de Barcelona, incluye entre sus colaboradores a la Dra. Roser Gonzàlez y la Dra. Gemma Marfany, fundadoras de DBGen.

RPGeNet está diseñada como una interfaz interactiva y fácil de usar. En su página principal presenta un buscador de interacciones donde se marca el gen de interés, a partir de aquí se abre una nueva ventana que permite visualizar la red de interacciones del gen, a diferentes niveles y expandir los interactores de ese gen; también permite modificar la búsqueda tanto a nivel biológico (expresión génica o variantes, entre otras), como a nivel gráfico (cambiar el tipo de gráfico, ancho de las líneas, etc). Además, suministra información sobre la base de datos de origen de la información, y permite funciones como descargar la red de interacciones del gen requerido, cargar una búsqueda anterior y descargar la imagen.

Esta segunda versión del software contiene casi 3 veces más genes causativos que la versión anterior, además, en su estructura posee 26.241 interacciones entre los genes principales y 3.865 genes secundarios. Si se suma la información de toda la red, esta contiene 18.707 genes y 739.122 interacciones. Esto ha sido posible en parte gracias a la actualización de las interacciones con BioGRID y STRING, pero también por la incorporación de los resultados de PPaxe. Por último, para proporcionar una mejor y más rápida gestión de los datos de interacciones  RPGeNet v2.0, utiliza el potente motor de bases de datos basadas en grafos neo4j.

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