escriu la teva cerca i prem enter

La nova versió de RPGeNet permet examinar interaccions de més de 270 gens implicats en distròfies de retina

RPGeNet és una eina dedicada a proporcionar una interfície gràfica de les interaccions moleculars on participen gens implicats en les distròfies de retina. El principal objectiu de RPGeNet és el de facilitar als investigadors una eina per entendre el procés patològic en el seu context cel·lular i histològic, ressaltar interaccions clau del procés de degeneració de la retina i revelar possibles gens candidats com a causa d’aquestes malalties (Boloc et al. 2015).

La xarxa utilitza i filtra les dades de BioGRID (base de dades d’interaccions biològiques), STRING (base de dades d’interaccions proteïna-proteïna) i de les publicacions d’interaccions afegides a PubMed filtrades per mitjà del programa PPaxe, dedicat a la cerca d’interaccions proteiques en textos científics. Aquesta eina, dissenyada per investigadors de la Universitat de Barcelona, inclou entre els seus col·laboradors la Dra. Roser Gonzàlez i la Dra. Gemma Marfany, fundadores de DBGen.

RPGeNet està pensada com una interfície interactiva i fàcil d’usar. En la seva pàgina principal presenta un cercador d’interaccions en el qual es marca el gen d’interès. A partir d’aquí, s’obre una nova finestra que permet visualitzar la xarxa d’interaccions del gen, a diferents nivells i expandir els interactors d’aquest gen; també permet modificar la cerca tant a escala biològica (expressió gènica o variants, entre d’altres), com a escala gràfica (canviar el tipus de gràfic, ample de les línies, etc.). A més, subministra informació sobre la base de dades d’origen de la informació, i permet funcions com descarregar la xarxa d’interaccions del gen requerit, carregar una cerca anterior i descarregar la imatge.

Aquesta segona versió del programari conté gairebé tres vegades més gens causatius que la versió anterior. A més, en la seva estructura posseeix 26.241 interaccions entre els gens principals i 3.865 gens secundaris. Si se suma la informació de tota la xarxa, aquesta conté 18.707 gens i 739.122 interaccions. Això ha estat possible, en part, gràcies a l’actualització de les interaccions amb BioGRID i STRING, però també per la incorporació dels resultats de PPaxe. Finalment, per a proporcionar una gestió més ràpida i millor de les dades d’interaccions RPGeNet v2.0, utilitza el potent motor de bases de dades basades en grafs neo4j.

(es) Compartelo en las redes
(es) volver
Copyright © 2019. All Rights Reserved -